kompletny człowiek Genom sekwencja dwóch chromosomów X i autosomów z linii komórkowej pochodzącej z tkanki żeńskiej została ukończona. Dotyczy to 8 proc Genom sekwencję, której brakowało w oryginalnej wersji roboczej wydanej w 2001 roku.
kompletny człowiek Genom sekwencję całych 3.055 miliardów par zasad odkryło konsorcjum Telomer-to-Telomere (T2T). Stanowi to największą poprawę w stosunku do człowiek odniesienie Genom wydany w 2001 roku przez Celera Genomics and the International Człowiek Genom Konsorcjum sekwencjonowania. To Genom sekwencja obejmowała większość regionów euchromatycznych, pomijając regiony heterochromatyny lub błędną reprezentację. Regiony te stanowią 8%. człowiek Genom co w końcu zostało ujawnione. Nowa referencja T2T-CHM131 zawiera kompletną sekwencję dla wszystkich 22 autosomów plus chromosom X. Ta nowa sekwencja referencyjna poprawiła również liczne błędy i dodała około 200 milionów pz nowych sekwencji zawierających 2,226 kopii genów, z których przewiduje się, że 115 koduje białka.
Obecny genom referencyjny GRCh38.p13 powstał w wyniku dwóch głównych aktualizacji sekwencji genomu Celera z 2013 r., jednej w 2019 r., a drugiej w 2001 r. Jednak nadal miał 151 milionów par zasad o nieznanej sekwencji rozproszonych po całym świecie Genom, w tym regiony okołocentromerowe i subtelomerowe, duplikacje, macierze genów i rybosomalnego DNA (rDNA), z których wszystkie są niezbędne do podstawowych procesów komórkowych. Nowe odniesienie zostało nazwane T2T-CHM13, ponieważ pochodzi z sekwencjonowania DNA z linii komórkowej CHM13 (Complete Hydatiform Mole) i zostało przeprowadzone przez konsorcjum T2T. Linia komórkowa pochodzi z nieprawidłowego zapłodnionego jaja lub przerostu tkanki z łożyska, w którym kobieta wygląda na ciążę (ciąża fałszywa), stąd sekwencja reprezentuje tylko dwa chromosomy X i autosomy samicy. Zastosowano wiele technologii sekwencji, takich jak sekwencery PacBio, Oxford Nanopore, 100X i 70X Illumina, żeby wymienić tylko kilka. Postęp technologiczny w sekwencjonowaniu doprowadził do sekwencjonowania pozostałych 8%, jak wspomniano powyżej.
Jedynym ograniczeniem sekwencji T2T-CHM13 jest brak chromosomu Y. To sekwencjonowanie jest obecnie w toku, przy użyciu DNA z linii komórkowej HG002, która ma 46 (23 pary) z kariotypem XY. Sekwencja zostanie następnie złożona przy użyciu tych samych metod, które zostały opracowane dla homozygotycznego genomu CHM13.
Dostępność T2T-CHM13 jako nowego odniesienia Genom stanowi ważny przełom, który pomoże w zrozumieniu roli regionów heterochromatyny i pomoże w bardziej szczegółowym zrozumieniu jej wpływu na procesy komórkowe. Do czasu zakończenia sekwencjonowania chromosomu Y posłuży on jako genom referencyjny dla przyszłych badań nad zrozumieniem procesów i funkcji komórkowych.
***
Referencje
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A i in. Pełna sekwencja a człowiek genom bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
